rs373209583

chr12-109188171-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCT-Cchr12-109188171-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCT-CTCCTTCCTchr12-109188171-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCT-CTCCTTCCTTCCTchr12-109188171-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCT-CTCCTTCCTTCCTTCCTchr12-109188171-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCT-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTchr12-109188171-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCT-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTchr12-109188171-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCT-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTchr12-109188171-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCT-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTchr12-109188171-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCT-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTchr12-109188171-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCT-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTchr12-109188171-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCT-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTchr12-109188171-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCT-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTchr12-109188171-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCT-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTchr12-109188171-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCT-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTchr12-109188171-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCT-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTchr12-109188171-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCT-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTchr12-109188171-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCT-CTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCT

Variant summary

Our verdict is Uncertain significance. Variant got 2 ACMG points: 2P and 0B. PM2

The NM_001093.4(ACACB):c.2144+33_2144+72del variant causes a intron change involving the alteration of a non-conserved nucleotide. The variant allele was found at a frequency of 0.00000295 in 1,357,024 control chromosomes in the GnomAD database, with no homozygous occurrence. No clinical diagnostic laboratories have submitted clinical-significance assessments for this variant to ClinVar.

• Frequency:
  • Genomes: 𝑓 0.000029 (0 hom., cov: 0)
  • Exomes 𝑓: 8.0e-7 (0 hom.)
• Consequence: ACACB NM_001093.4 intron
• Clinical Significance: Not reported in ClinVar
• Conservation: PhyloP100: 1.21

Genes affected

ACACB (HGNC:85): (acetyl-CoA carboxylase beta) Acetyl-CoA carboxylase (ACC) is a complex multifunctional enzyme system. ACC is a biotin-containing enzyme which catalyzes the carboxylation of acetyl-CoA to malonyl-CoA, the rate-limiting step in fatty acid synthesis. ACC-beta is thought to control fatty acid oxidation by means of the ability of malonyl-CoA to inhibit carnitine-palmitoyl-CoA transferase I, the rate-limiting step in fatty acid uptake and oxidation by mitochondria. ACC-beta may be involved in the regulation of fatty acid oxidation, rather than fatty acid biosynthesis. [provided by RefSeq, Oct 2022]

ACMG classification

Verdict is Uncertain_significance. Variant got 2 ACMG points.

• PM2: Very rare variant in population databases, with high coverage

Transcripts

RefSeq

Gene	Transcript	HGVSc	HGVSp	Effect	#exon/exons	MANE	UniProt
ACACB	NM_001093.4	c.2144+33_2144+72del		intron_variant		ENST00000338432.12

Ensembl

Gene	Transcript	HGVSc	HGVSp	Effect	#exon/exons	TSL	MANE	Appris	UniProt
ACACB	ENST00000338432.12	c.2144+33_2144+72del		intron_variant		1	NM_001093.4	P1
ACACB	ENST00000377848.7	c.2144+33_2144+72del		intron_variant		1		P1
ACACB	ENST00000377854.9	c.-1859+33_-1859+72del		intron_variant		5

Frequencies

GnomAD3 genomes AF: 0.0000286 AC: 3 AN: 105050 Hom.: 0 Cov.: 0

Gnomad AFR AF: 0.000108

Gnomad AMI AF: 0.00

Gnomad AMR AF: 0.00

Gnomad ASJ AF: 0.00

Gnomad EAS AF: 0.00

Gnomad SAS AF: 0.00

Gnomad FIN AF: 0.00

Gnomad MID AF: 0.00

Gnomad NFE AF: 0.00

Gnomad OTH AF: 0.00

GnomAD4 exome AF: 7.99e-7 AC: 1 AN: 1251974 Hom.: 0 AF XY: 0.00 AC XY: 0 AN XY: 617866

Gnomad4 AFR exome AF: 0.00

Gnomad4 AMR exome AF: 0.0000279

Gnomad4 ASJ exome AF: 0.00

Gnomad4 EAS exome AF: 0.00

Gnomad4 SAS exome AF: 0.00

Gnomad4 FIN exome AF: 0.00

Gnomad4 NFE exome AF: 0.00

Gnomad4 OTH exome AF: 0.00

GnomAD4 genome AF: 0.0000286 AC: 3 AN: 105050 Hom.: 0 Cov.: 0 AF XY: 0.0000201 AC XY: 1 AN XY: 49634

Gnomad4 AFR AF: 0.000108

Gnomad4 AMR AF: 0.00

Gnomad4 ASJ AF: 0.00

Gnomad4 EAS AF: 0.00

Gnomad4 SAS AF: 0.00

Gnomad4 FIN AF: 0.00

Gnomad4 NFE AF: 0.00

Gnomad4 OTH AF: 0.00

ClinVar

Not reported in ClinVar

Computational scores

Source: dbNSFP v4.3

Splicing

Find out detailed SpliceAI scores and Pangolin per-transcript scores at spliceailookup.broadinstitute.org

Publications

LitVar

Other links and lift over

dbSNP: rs373209583; hg19: chr12-109625976;