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Variant summary
Our verdict is Uncertain significance. The variant received 0 ACMG points: 0P and 0B.
The NR_187531.1(PPP1R12A-AS2):n.706-9073_706-4443dupACATTTTTGTAAGTATGTAGAAATGCAAGTGATTTTTGAATTTGACCTTGTATCCTGAGACCTTGATAAATTCATTCTTAGTTCTAGTAGTTGCTTTGTGGATTCCTTAGGATTTTTTGTGCAGACAATATGTCAGCTGAAAATACAGTTATACTTTTTCCTTTCAGATATTTATTTTTTGTTTTTTCTTAATACACTAGCTAGGACTGCCAACACCACGCTGAATGGAATGAGTAAGGGACTAAGAGGGGACCATCCGTTACTTGTTTCTGATCTTAGGAAGAAAGCATTTAATATTTCACCATTATGTTGGGTGTAGGTTTTTAATGGAGGGCCATTATCAGATTGAGAAAGTTTTTTATATTTCTAGTTTGCCGAGAGTTTTACATTATGAGTGGGTATTATAGCTGTTAAATGCTTTTTCTGGGCCTATTGAAATGCTCATATTTTATTTCCTTTACTATGTTAATATGAATTACATTGATTATCAAATGTTAAACCAACCTCTCAATTCTAGTATAAACCACATTTAATTATGATGATTTATCCTTTTTATATATTGGTTAATAGTGTTGAAGACTTTTGCATTTATGTTATTGAGGGATATTGGTTTGTAATTTTCTTGTAATGTCTCCATTAGGTCTTGGTATCAGGCTAATGCTGACCTTACAAAATGAACTGGGAAGTTCTGCCTCCTCCTTCATTTTTTGAAGAGTTTGCATGTAAAATGTTTTATTTCTTCCTTAATTTTGGGTAGAATTCAATATAGAAACCATCTAGACCTTTAGTTTTCTGTGAATCACAGCTATTTTAAAGTTTGTTTCTGATAAAACAGTTGTACTGTCACCTTGGACAAGCTGCAACTACATTTCTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTACAGTGGCACGATGTCGGCTCACTGCAAGCTCCACCTCCCGGGTTCACACCATTCTCCTGCCTCAATCTCCTGAGTAGCTGGGACCACAGGTGCCTGCCACCACACCCGGCAAATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTTGATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCTTGAGCCACCGCGCCCGGGCCAAGCTGCAACTACATTTCAAAGAATCTCATTCCCTGTTTAGTTCTGGATTAGTTGGCCAAAATCAAAATATGCATGAGATTTGGAAGGTAGAGTGAAATAGTAGCTAATATACTCTGATGGTCTTTGTGGTGAGAAGTGGTGAGATACAACTGCAGAGGTGCTGGTGGGTTCCAATCTGTCCTTGTACTTCCCTGCTCCATGTCCAACTTTTATTTCTAACTGCAGACCCTGTTGACCAATTATGACCCAAGACTCACTACCAAATGAAGTGACAGTATCTTCAAACAACTCTTCCAGCTTTCTTTTGCAGGCTCACTTCAGCAACTGGATATGCCTGGCTTCTCAATTTCCCTGACAAGCTCCAATTTGGCCAACTATACCTGTGCTTCAGAAGGGCTGGTTCATGACTTTTCTCTTATCCACCAGCTCACCCTTTCAGATCCTTACTTCTTCAGTTTCTTCCACAATTGTGTCAAATCTGTTGCTATAAATTCCTTATTTCATAATACTCACACTGGTTCTGCTTCCCTGATTGAACTTTAATAGAGATAACTAAAAAATTAAAATTTTCTATGGGTCTGTTTTAATTATCCTTTTTCCTTTCTGTTTTTACAGTCAGTTGGTTTTATCTCCTTGAATGCCTTGTCATTTTTTGATTGAATGCTGGACACTTTGTATCCAAATTTTAATAATTTTAGGGTCTGGATGATGCTATCTTCTTCCAAAATGATGGACTTTAACATCCAGCAGTGAGTTAGGGTAAGAACAGATCGTCTTAATCTTGTTCAGGATTGAGCAATTTCAGACTTTGTGATGGCTTACTTATTTTGGGTTTATGCTTTTCTTTTAGGGAATAGCCCTTCAAGGATCCCCACTTAAAAAAAAAAAAAAGCTGGTATTTAATGCAGTTCCTCCCCTTTGGCAGGCCATGAACTGAATGTTCTGAATCCCCCACCCTGTGTGAGTGATAATACAGCTGCTCAGTTTTTCAGTCTCTTGGCCACTAGTTATAAATTGTCTTTGGGGAAAAGTGGTGCTGAATGTGTGGTTCACTTTTTTTGTGCTCCTCTTCTTTTTAGGATCCTGGTCCCGCAAGGCCTTGCTGCAAAACATTGGAAAAAATTATCTATATTAAACCCAGTTATTTCCCTCTCATTCTCATCCAAACAGGATTTCACCCCCATCACTGTAGTTAAATTGCTCGTATTGCAATATCCAGTTGACAGTTCTCAGTCCTTATCTGGTAACAGCAATCATTGCTTCCTAGAAACATTTTCTTCACTCTCTAGGGCCTCAGTCTTCTTATTTTATTCCTATTTCATTGGCCAACCTTCATTATTTTTTGTTGGGTTCCTGTCTTCCTGATCTCTTAACATTAGACGACCCAGGCCCCAATCCTGGGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTGAGATGGGGTCTCACTCTGTCGCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCTACCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAAGTGTGCACCACCACGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGACAGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGATGGTCTCGATCTCTTGACCCCGTGATCCACCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGCATTACAGGCATGAGCCACCGTGCCCAGCCCTTTACTCTCATTCAGTCTCATGAATTTCCCTATCAGGCATATGCTCAGGCTCCCAGATTTCTATCTCTGGCTTCTCTCTTCTGAACTCAACATTTTGACTTGGATGTTTAACAAATATTCACACTGATAAGCATCTCAAACTTAACATGTCCAAAACATAACTTCATACTTTCTACCACAAACTTGTTCTACTGTCTTCTAAGCTAATTGCAATTCCATCCTTCTAGTTACTAGGGCTATAATCCTGAACTCTCCTACTTCAAATCCAATCGTGTGGGCTCTACCTTCAAAATAGATTTAGAATCCTACCACTTCTCAGCACCTTCACTGTTATCTCCCTGGGCCAAGACACTGTTATCTCCCATATGGATTGCAGTAATAGTGTCCTAAGTAGTCTAAGGGAGATTCCTTAAAAACCTAAGTCAGATTATATTATTTTCTCAAATCCTTCAAATGGCTTCCAGTCTCAGATTAAAAACTTCAAGTACTTACGATGGTTTATAAGACCATACATAATCTTGCCTCCAAATATTCTTCTGGCCTCATCTCTCATACACTTGTCCTTGTTTACTTGGCTTCAGCCACATTGGCTTTCTTGCTATTTCTTAAAAATGCTTCTGCCCCCTGCCTTTGGGCATGCTGTTCCAAACAGACATAGTTGGAATGCTTTTTCCCAGAAATCTTGATGGATCACACTACCATTTCCTTCAGTCATATCAGTGATGCTTTCCTTAACCTATTTAAAACCAAAACCCTCCTCCCTAATATGCCCTTCCCCAACATTCCTTAGGCTTTTTCTTATCCCTACTTTTTCTCCAAGGACTTGTAATTCTCCCTATATTTTTTCTGCCTACATCCAATAGCATATAAGCTTCATTATGGTGGAGTTTTGTCAATTTTGTTCACTGCTTTATCCCTCGCACCTAGAGTAGCACCTGACACATAGTAGCACTCAATATTTGAATAACTCATCAATTTTCAATGGATTCTGATTAAATTTACAAGTCAATTCTAAACAAGCGGTGACATTTCAAGGTTTAAACTTCAGTGATCAGGTTCCTTTTAGGTGATATTCCTGTCATTGATTTTTTGCTTGCTTTTTGTCCTTCTTCTGGTTATAGCCCCCTTCTTTTTTGGGGGGGACTGTACATCCTTTATATCTTCTGGCAATGCTGCTAACCATAAAACTTTACATCTCCCTTGCTTTGAGTGGTAAATAGAAACCCAGGACTGATCAATCAGTACTCCATCTCCATGGAAAAACAGATTAGTTCAAGGGATTAAAATAGCTCATTTCCTGGGATTTCATATATTAGGTGTTGGGATAAGAAATTACTTCTTTCCTCTGCGGTTGTTAGTCATTCATAGTCCTAAGTTTTCTCCATTTTAGTAGGACAGATGAGGTCACTGCACAGAAGAGAAGAGAGGTGACACCCGATGGATTCTGTCTTGTCTAAGGACAGCTAGACCTCTGAACTTCCTGGTAACTTGAGCCAATATATTTTATCTATCCTCCCATCCCAAAATTTCTAGGTAATTTGAGTTTCTTCACTTGTAACTTGACAAGCATTGAATAATATATGCCTCATTTTAATAGTATAACCTTATCTCCCCCCAAACAAAAATCTCTTGTTCAGTTTCTTCTGTAGGGATTCCCTAAAAAAGATTTTTGAAGTGAATCTGCTCAACTTAAAATGAATTCATCTGATTAGGAACTTCTCCAATCCAGTTGTGGAGATTAAG variant causes a intron change involving the alteration of a non-conserved nucleotide. The variant was absent in control chromosomes in GnomAD project. It is difficult to determine the true allele frequency of this variant because it is of type INS_BIG, and the frequency of such variant types in population databases may be underestimated and unreliable. Variant has been reported in ClinVar as not provided (no stars).
Frequency
Consequence
NR_187531.1 intron
Scores
Clinical Significance
Conservation
Publications
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ACMG classification
Our verdict: Uncertain_significance. The variant received 0 ACMG points.
Variant Effect in Transcripts
ACMG analysis was done for transcript: NR_187531.1. You can select a different transcript below to see updated ACMG assignments.
RefSeq Transcripts
| Sel. | Gene | Transcript | Tags | HGVSc | HGVSp | Effect | Exon Rank | Protein | UniProt |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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Ensembl Transcripts
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| PPP1R12A-AS2 | TSL:5 | n.254-16532_254-16531insACATTTTTGTAAGTATGTAGAAATGCAAGTGATTTTTGAATTTGACCTTGTATCCTGAGACCTTGATAAATTCATTCTTAGTTCTAGTAGTTGCTTTGTGGATTCCTTAGGATTTTTTGTGCAGACAATATGTCAGCTGAAAATACAGTTATACTTTTTCCTTTCAGATATTTATTTTTTGTTTTTTCTTAATACACTAGCTAGGACTGCCAACACCACGCTGAATGGAATGAGTAAGGGACTAAGAGGGGACCATCCGTTACTTGTTTCTGATCTTAGGAAGAAAGCATTTAATATTTCACCATTATGTTGGGTGTAGGTTTTTAATGGAGGGCCATTATCAGATTGAGAAAGTTTTTTATATTTCTAGTTTGCCGAGAGTTTTACATTATGAGTGGGTATTATAGCTGTTAAATGCTTTTTCTGGGCCTATTGAAATGCTCATATTTTATTTCCTTTACTATGTTAATATGAATTACATTGATTATCAAATGTTAAACCAACCTCTCAATTCTAGTATAAACCACATTTAATTATGATGATTTATCCTTTTTATATATTGGTTAATAGTGTTGAAGACTTTTGCATTTATGTTATTGAGGGATATTGGTTTGTAATTTTCTTGTAATGTCTCCATTAGGTCTTGGTATCAGGCTAATGCTGACCTTACAAAATGAACTGGGAAGTTCTGCCTCCTCCTTCATTTTTTGAAGAGTTTGCATGTAAAATGTTTTATTTCTTCCTTAATTTTGGGTAGAATTCAATATAGAAACCATCTAGACCTTTAGTTTTCTGTGAATCACAGCTATTTTAAAGTTTGTTTCTGATAAAACAGTTGTACTGTCACCTTGGACAAGCTGCAACTACATTTCTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTACAGTGGCACGATGTCGGCTCACTGCAAGCTCCACCTCCCGGGTTCACACCATTCTCCTGCCTCAATCTCCTGAGTAGCTGGGACCACAGGTGCCTGCCACCACACCCGGCAAATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTTGATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCTTGAGCCACCGCGCCCGGGCCAAGCTGCAACTACATTTCAAAGAATCTCATTCCCTGTTTAGTTCTGGATTAGTTGGCCAAAATCAAAATATGCATGAGATTTGGAAGGTAGAGTGAAATAGTAGCTAATATACTCTGATGGTCTTTGTGGTGAGAAGTGGTGAGATACAACTGCAGAGGTGCTGGTGGGTTCCAATCTGTCCTTGTACTTCCCTGCTCCATGTCCAACTTTTATTTCTAACTGCAGACCCTGTTGACCAATTATGACCCAAGACTCACTACCAAATGAAGTGACAGTATCTTCAAACAACTCTTCCAGCTTTCTTTTGCAGGCTCACTTCAGCAACTGGATATGCCTGGCTTCTCAATTTCCCTGACAAGCTCCAATTTGGCCAACTATACCTGTGCTTCAGAAGGGCTGGTTCATGACTTTTCTCTTATCCACCAGCTCACCCTTTCAGATCCTTACTTCTTCAGTTTCTTCCACAATTGTGTCAAATCTGTTGCTATAAATTCCTTATTTCATAATACTCACACTGGTTCTGCTTCCCTGATTGAACTTTAATAGAGATAACTAAAAAATTAAAATTTTCTATGGGTCTGTTTTAATTATCCTTTTTCCTTTCTGTTTTTACAGTCAGTTGGTTTTATCTCCTTGAATGCCTTGTCATTTTTTGATTGAATGCTGGACACTTTGTATCCAAATTTTAATAATTTTAGGGTCTGGATGATGCTATCTTCTTCCAAAATGATGGACTTTAACATCCAGCAGTGAGTTAGGGTAAGAACAGATCGTCTTAATCTTGTTCAGGATTGAGCAATTTCAGACTTTGTGATGGCTTACTTATTTTGGGTTTATGCTTTTCTTTTAGGGAATAGCCCTTCAAGGATCCCCACTTAAAAAAAAAAAAAAGCTGGTATTTAATGCAGTTCCTCCCCTTTGGCAGGCCATGAACTGAATGTTCTGAATCCCCCACCCTGTGTGAGTGATAATACAGCTGCTCAGTTTTTCAGTCTCTTGGCCACTAGTTATAAATTGTCTTTGGGGAAAAGTGGTGCTGAATGTGTGGTTCACTTTTTTTGTGCTCCTCTTCTTTTTAGGATCCTGGTCCCGCAAGGCCTTGCTGCAAAACATTGGAAAAAATTATCTATATTAAACCCAGTTATTTCCCTCTCATTCTCATCCAAACAGGATTTCACCCCCATCACTGTAGTTAAATTGCTCGTATTGCAATATCCAGTTGACAGTTCTCAGTCCTTATCTGGTAACAGCAATCATTGCTTCCTAGAAACATTTTCTTCACTCTCTAGGGCCTCAGTCTTCTTATTTTATTCCTATTTCATTGGCCAACCTTCATTATTTTTTGTTGGGTTCCTGTCTTCCTGATCTCTTAACATTAGACGACCCAGGCCCCAATCCTGGGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTGAGATGGGGTCTCACTCTGTCGCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCTACCTCCCAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAAGTGTGCACCACCACGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAAAGACAGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGATGGTCTCGATCTCTTGACCCCGTGATCCACCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGCATTACAGGCATGAGCCACCGTGCCCAGCCCTTTACTCTCATTCAGTCTCATGAATTTCCCTATCAGGCATATGCTCAGGCTCCCAGATTTCTATCTCTGGCTTCTCTCTTCTGAACTCAACATTTTGACTTGGATGTTTAACAAATATTCACACTGATAAGCATCTCAAACTTAACATGTCCAAAACATAACTTCATACTTTCTACCACAAACTTGTTCTACTGTCTTCTAAGCTAATTGCAATTCCATCCTTCTAGTTACTAGGGCTATAATCCTGAACTCTCCTACTTCAAATCCAATCGTGTGGGCTCTACCTTCAAAATAGATTTAGAATCCTACCACTTCTCAGCACCTTCACTGTTATCTCCCTGGGCCAAGACACTGTTATCTCCCATATGGATTGCAGTAATAGTGTCCTAAGTAGTCTAAGGGAGATTCCTTAAAAACCTAAGTCAGATTATATTATTTTCTCAAATCCTTCAAATGGCTTCCAGTCTCAGATTAAAAACTTCAAGTACTTACGATGGTTTATAAGACCATACATAATCTTGCCTCCAAATATTCTTCTGGCCTCATCTCTCATACACTTGTCCTTGTTTACTTGGCTTCAGCCACATTGGCTTTCTTGCTATTTCTTAAAAATGCTTCTGCCCCCTGCCTTTGGGCATGCTGTTCCAAACAGACATAGTTGGAATGCTTTTTCCCAGAAATCTTGATGGATCACACTACCATTTCCTTCAGTCATATCAGTGATGCTTTCCTTAACCTATTTAAAACCAAAACCCTCCTCCCTAATATGCCCTTCCCCAACATTCCTTAGGCTTTTTCTTATCCCTACTTTTTCTCCAAGGACTTGTAATTCTCCCTATATTTTTTCTGCCTACATCCAATAGCATATAAGCTTCATTATGGTGGAGTTTTGTCAATTTTGTTCACTGCTTTATCCCTCGCACCTAGAGTAGCACCTGACACATAGTAGCACTCAATATTTGAATAACTCATCAATTTTCAATGGATTCTGATTAAATTTACAAGTCAATTCTAAACAAGCGGTGACATTTCAAGGTTTAAACTTCAGTGATCAGGTTCCTTTTAGGTGATATTCCTGTCATTGATTTTTTGCTTGCTTTTTGTCCTTCTTCTGGTTATAGCCCCCTTCTTTTTTGGGGGGGACTGTACATCCTTTATATCTTCTGGCAATGCTGCTAACCATAAAACTTTACATCTCCCTTGCTTTGAGTGGTAAATAGAAACCCAGGACTGATCAATCAGTACTCCATCTCCATGGAAAAACAGATTAGTTCAAGGGATTAAAATAGCTCATTTCCTGGGATTTCATATATTAGGTGTTGGGATAAGAAATTACTTCTTTCCTCTGCGGTTGTTAGTCATTCATAGTCCTAAGTTTTCTCCATTTTAGTAGGACAGATGAGGTCACTGCACAGAAGAGAAGAGAGGTGACACCCGATGGATTCTGTCTTGTCTAAGGACAGCTAGACCTCTGAACTTCCTGGTAACTTGAGCCAATATATTTTATCTATCCTCCCATCCCAAAATTTCTAGGTAATTTGAGTTTCTTCACTTGTAACTTGACAAGCATTGAATAATATATGCCTCATTTTAATAGTATAACCTTATCTCCCCCCAAACAAAAATCTCTTGTTCAGTTTCTTCTGTAGGGATTCCCTAAAAAAGATTTTTGAAGTGAATCTGCTCAACTTAAAATGAATTCATCTGATTAGGAACTTCTCCAATCCAGTTGTGGAGATTAAG | intron | N/A |
Frequencies
GnomAD3 genomes Cov.: 36
GnomAD4 genome Cov.: 36
ClinVar
Computational scores
Source:
Splicing
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